Na Slovensku sa vyskytuje po celom území. Vcelku je vzácny, v posledných rokoch však badať určitú stabilizáciu v počte hniezdiacich párov. Populácia na Slovensku je odhadovaná na 300 - 400 hniezdnych párov. Obýva lesné komplexy, staré zárasty a skalnaté biotopy od nížin (200 m n.m.) až do stredných výšok (1000 - 1500 m n.m.). Stály vták, verný hniezdnemu teritóriu.
Hniezdi v skalných biotopoch, vo výklenkoch skál, na skalnatých rímsach, v rozsadlinách medzi skalami, často v opustených kameňolomoch (v poslednom čase aj štrkových lomoch) a v zrúcaninách. V lesoch hniezdi na zemi medzi koreňmi veľkého stromu alebo pod vyvrátenými kmeňmi, v dutých starých stromoch, alebo obsadzuje väčšie hniezda iných vtákov. Dôležitý je jednoduchý prílet k hniezdu a pokojné prostredie. V marci až v apríli znáša 2-3 (4) biele vajíčka veľkosti 60 x 49 mm. Inkubačný čas 33-38 dní. Sedí len samica, samec ju kŕmi. Potravu jej odovzdáva na určitých, niekedy od hniezda dosť vzdialených. Mláďatá sa liahnu postupne tak, ako boli znášané vajcia. Sú kŕmené oboma rodičmi. Na hniezde zostávajú 5 - 6 týždňov, potom sa rozliezajú do okolia hniezda. Vzletnosť dosahujú vo veku 9 týždňov.
Živí sa prevažne cicavcami do veľkosti zajaca a vtákmi do veľkosti bažanta. Bežne loví aj ježe, pričom pichľavú kožu ponecháva na mieste. Výr skalný má zrejme najpestrejší jedálny lístok zo všetkých sov. Nielen preto, že pri svojej veľkosti a sile ľahko premôže aj väčšiu korisť, na ktorú by sa iné sovy neodvážili, ale hlavne vďaka svojej prispôsobivosti. Ak sa mu naskytne možnosť využiť nový zdroj potravy, bez problémov dokáže prekvapivo rýchlo zmeniť spôsob lovu. Neraz loví korisť rovnako veľkú, ako je on sám. Ak výr uloví priveľkú korisť, ktorú nedokáže zožrať naraz, zvyčajne ju ukryje a počas nasledujúcej noci sa po ňu vráti. Bolo pozorované, že dokáže odletieť s ulovenou líškou, ktorú pevne zovrie v pazúroch. Len príležitostne požiera žaby, hady, ryby a bezstavovce.
Loví predovšetkým nad voľnými plochami v lesnatej krajine a to v nízkom lete alebo z pozorovateľne. Doba lovu je variabilná, väčšinou sa však sústreďuje na súmrak a svitanie. Pri hľadaní koristi používa predovšetkým sluch, často sa ale tiež riadi zrakom. Väčšinu života trávi výr skalný ako samotár. Územie, ktoré sa rozkladá na ploche od 15 do 80 km2, si bráni.
Výr skalný napáda vo vlastnom teritóriu hlavne iné sovy a dravce, napríklad pôtiky, myšiarky, sovy, myšiaky a pustovky. Niekedy sa mu podarí zabiť veľmi silné vtáky, napríklad sokola sťahovavého alebo mladého orliaka morského. Deň prespí v úkryte - v korune stromu, hustom kroví alebo na chránenom skalnom brale. Z denného spánku ho často vyrušujú vrany alebo iné vtáky, ktoré okolo neho poletujú a hlasno kričia, alebo dokonca podnikajú na výra hromadné nálety. Výr skalný ich obťažovanie často neznesie a odletí na iné, pokojnejšie stanovište. Vtedy ho môžeme vidieť aj počas dňa. Pri odpočinku má telo sudovité, ak je vyplašený má prekvapive dlhý - silný krk. Ušká má dlhé, viditeľné okrem letu, pri odpočinku alebo hrozbe ich má sklopené, pri volaní alebo vyrušení vzpriamené. Lieta vytrvale a vyrovnane, údery krídel sú mäkké. Počas kolísavého letu v noci je nápadná veľká hlava a menší uťatý chvost s dlhými krídlami. Počas tokania vo februári a v marci sa samec po zotmení ozýva nie veľmi hlasným , no napriek tomu ydaleka počuteľným húkaním, mnohokrát opakovaným po sebe, čím sa snaží upútať pozornosť samice. Húkanie sa začína rozliehať už dlho pred západom slnka a je rozdelené na niekoľko blokov, z ktorých niektoré trvajú bez prestávky dlhšie ako hodinu. Ak sa obaja partneri nájdu, zostávajú si verní na celý život. Keď sa s ňou delí o jedno teritórium, obidva vtáky spia oddelene a každý loví pre vlastnú potrebu.
Výr skalný je najväčšia sova na svete (dĺžka tela je 66 až 71 cm, krídla 470 mm, chvosta 255 mm) s vyvinutými "ušami" a až po pazúry zarastenými nohami. Je hnedohrdzavá s tmavými škvrnami, na brušnej strane s výraznejšími škvrnami a pruhovaním. Základná farba na chrbte je tmavohnedá s čiernzmi škvrnami a vlnkami, na bruchu žlto - hnedá s tmavými čiarkami, na hrudi širokými. Hrdlo je biele, ktoré je zjavne viditeľné najmä počas volania.
V čase párenia sa samec pri tokaní často ozýva typickým, ďaleko počuteľným volaním "uhu" alebo "hu-u", ktoré opakuje v dlhších intervaloch.