Sťahovavý, prilieta v III.-IV., odlieta v VIII.-IX. Obýva lesy, rovnako lužné ako listnaté, zmiešané či ihličnaté, od nížin do výšky asi 1000 m n. m. Obdobie rozmnožovaniaje v IV.-VIII.
Bociany čierne hniezdia samotársky. Hniezdo z konárov a vetvičiek je ukryté v korunách vysokých stromov, najmä listnatých alebo postavené na neprístupných skalách. Obsadzujú aj staré hniezda veľkých dravých vtákov. Vo svojom teritóriu má pár niekoľko hniezd, ktoré počas rokov strieda. Hniezdo býva vo vrcholci suchého stromu, ale môže hniezdiť aj v strednej časti koruny pri kmeni, ak je dostatočný priestor pre prílety a odlety z boku. Plytké niezdo je postavené z hrubých a suchých konárov uložených vo viacerých vrstvách. Býva naozaj veľké, pretože bociany čierne sa každý rok vracajú na to isté miesto a hniezdo stále opravujú a pristavujú. V strednej časti sú spevnené mačinou a pýrom. Horná časť je postavená z tenších konárikov a vystlaná machom, suchou trávou, niekedy lístím a srsťou. V kotlinke hniezda možno niekedy nájsť papier, handry, či zemiakovú vňať. Od hniezd iných veľkých vtákov sa odlišuje podľa vrstevnatosti uvedených materiálov.
Loví ryby do veľkosti 25 cm, okrem nich aj vodný hmyz, žaby a mloky. V oblastiach s vlhkými lúkami sa živí prevažne koníkmi, okrem toho žabami, hlodavcami a mláďatami vtákov. Potravu získava do vzdialenosti 10 km od hniezda. Z nestráviteľných častí potravy sa bocianom v žalúdku tvoria chuchvalce, tzv. vývržky, ktoré vydávia podobne ako sovy a dravce.
Bociany čierne s obľubou sedávajú na vysokých stromoch. Vzlietajú po krátkom rozbehu a pred začiatkom hniezdenia často dlho krúžia nad hniezdiskom. Väčšinou sú plaché. Objavujú sa väčšinou iba jednotlivo, nanajvýš v páre. Potravu si hľadajú na okrajoch vodných nádrží alebo malých potokov, pokiaľ možno, kryté vegetáciou.
Okrem spodnej časti tela je celý čierny, v dospelosti má perie zlatozelený, purpurový a medenočervený kovový lesk. Mláďatá sú operené sivobielym páperím. Ich zobák je spočiatku citrónovožltý, potom v prvom roku života majú zelenkasté nohy a zobák, v druhom ich majú sivočervené. V treťom roku, keď vtáky pohlavne dospievajú, majú počas hniezdneho obdobia svietivo červené nohy a zobák, okrem tohto obdobia sú tmavo červenohnedé.
Bocian čierny je o niečo menší od bociana bieleho a v porovnaní s ním má aj užšie krídla. Zatiaľ čo nasledujúci druh má celkové zafarbenie biele, iba letky čierne, tento bocian má celkové zafarbenie čierne, iba na prsiach a bruchu biele.
-141x200.jpg "bocian čierny a bocian biely")
Zobákom klepoce zriedkavejšie ako jeho príbuzný. Nie je nemý, vydáva syčivé či hvízdavé zvuky. Ozýva sa iba krátky čas na hniezdisku zvláštnymi plačlivými zvukmi, počas letu občas hvízdavým "fyju".