Žije nehojne na horných úsekoch riek vo vzšších polohách Slovenska. Na strednom toku riek je oveľa zriedkavejší a iba výnimočne zahniezdi i na riekach tečúcich v nížinách. Stály a prelietavý. Vyskytuje sa predovšetkým popri bystrinách so stálym prietokom, ktoré nie sú znečistené. V polohách v nadmorskej výške nad 200 m obýva čisté riečky a potôčiky niekedy aj v ľudských sídlach a počas zimných mesiacov zostupuje ešte nižšie.
Veľké guľovité hniezdo býva umiestnené na skalných rímsach brehov potokov a na mostoch alebo pod nimi, kde zbiera aj hniezdny materiál. Hniezdi dva razy do roka. Začiatok prvého hniezdenia je v apríli až v máji, druhého v júni. Samička znáša 4-6 bielych vajec veľkosti 25 x 18 mm. Inkubačný čas 15-17 dní, kŕmenie mláďat v hniezde 18-20 dní.
Živí sa larvami podeniek, pošvatiek, potočníkov, kôrovcami, malými vodnými slimákmi a ploskuľami, ale aj rybkami.
Vodnár potočný je vyslovene teritoriálny vták, takže ho môžeme pri love pozorovať po celý rok. Často sedí na kameni nad prúdiacou vodou a pri vzrušení potriasa krídlami a vzpriamuje chvost. Tým sa podobá na orieška. Let je rýchly a priamy, spravidla nízko nad vodou a často ho sprevádza ostré a nápadné volanie. Vodnár postáva na balvanoch a zvyčajne chytá hmyz a iné bezstavovce okolo seba, alebo sa brodí na plytčinách, práve tak je však schopný vrhnúť sa a potopiť aj do hlbokej, prudko tečúcej vody. Vodnár potočný je jediný spevavec, ktorý si získava potravu plávajúc a potápajúc sa. Vie plávať, ale robí to len na krátke vzdialenosti. Operením, ktoré neprepúšťa vodu, krátkymi krídlami a uzatváratelnými nosnými dierkami je dobre prispôsobený špeciálnemu spôsobu života. Potápa sa na 3-4 sekundy, niekedy aj 3 až 4 - krát tak dlho, pláva alebo sa nechá unášal prúdom. Dokáže chodiť aj po dne potoka, využíva silné nohy na zachytenie sa o kamene dna, pričom loví potravu.
Telo má veľké asi ako drozd, ale krátky chvost (dĺžka tela je asi 180 mm, krídla 90 mm, chvosta 55 mm). Tvar tela ako oriešok, len oveľa väčší. Vrchná časť tela je tmavosivá, hrdlo a hrvoľ biele, prsia gaštanovohnedé, brucho tmavosivé. Ďalším výrayným znakom je biely očný pásik.
Mladé vtáky pripomínajú orieška, ale sú väčšie, škvrnité na vrchnej časti a spodná biela časť je svetlejšie sivo jarabá.
Vábenie znie ako ostré a prenikavé "crit" alebo "crrrb". Spev je hlasný a muzikálny, vták ho prednáša z kameňa alebo iného vyvýšeného bodu vyčnievajúceho nad hladinu potoka. Spieva samec aj samica. Dlhé sledy znejú trochu drsne a švitorivo a často sú počuteľné aj v zime.