Rozšírený je po celom území Slovenska od nížin až do výšky 1 300-1 400 m. Sťahovavý, prilieta v druhej polovici apríla až začiatkom mája, odlieta v septembri. Obýva lesy všetkých druhov. Je vtákom riedkych lesov, ale bežne sa vyskytuje aj vo dvoroch, v sadoch, parkoch a záhradách, najmä ak je v blízkosti vodný tok.
Muchárik si na umiestnenie hniezda vyberá spravidla dobre zatienené miesto. Hniezdi v pazuchách hrubších konárov všetkých druhov stromov, ale aj v otvorených dutinách, polobúdkach a väčších škárach múrov a rímsach budov. Začiatok hniezdenia je v máji. Hniezdo je voľne spletené z jemných vetvičiek a korienkov, stebiel tráv, machu a kúskov lišajníkov. Samička znáša 5 na zelenkastom podklade červenohnedo škvrnitých vajec 18 x 13 mm veľkosti. Inkubačný čas 12-14 dní, kŕmenie mláďat v hniezde 13-14 dní.
V potrave prevažuje lietajúci hmyz. Koncom leta sa živí aj rôznymi bobuľami.
Je to nenápadný druh, ktorý možno ľahko prehliadnuť pre jeho nenápadné operenie. Prvou známkou prítomnosti muchárika sivého je jeho spev. Nie je melodický, ale je veľmi charakteristický. Ak muchárik raz objavil a použil na hniezdenie búdku, na to isté miesto sa potom vracia rok čo rok. Muchárika sivého možno najskôr pozorovať pri vzpriamenom sedení na okraji kríka alebo plote. Ak sa vták práve neozýva, jeho charakteristický znak je postoj - na vyhliadkovom bode sedí vždy vzpriamene. Z tejto polohy robí početné výpady za korisťou - preletujúcim hmyzom. Keď loví korisť, jeho let je často mimoriadne kľukatý a členitý, plný obratov slúžiacich na kompenzovanie únikových akcií prenasledovaného hmyzu. Muchárik len zriedkavo nechytí korisť a vtedy možno počuť hlasné klepnutie zobáka. Po pokuse o ulovenie koristi sa vták vracia na ten istý posed, len zriedkavo sa nevráti.
Veľký ako vrabec (dĺžka tela je asi 140 mm). Zobák je zvrchu zploštený, pri kútikoch sú dlhšie brvy. Vrchnú stranu má sivohnedú, spodnú sivobielu, na bokoch hrdla, krku, na hrvoli a na prsiach je tmavšie pozdĺžne škvrnenie. Vrch hlavy je iba nevýrazne škvrnitý.
Mladé vtáky majú výraznejšiu kresbu a majú zreteľnejšie škvrnitý chrbát a hruď.Spev pripomína škrípanie kolesa na fúriku. Nenápadné sledy spevu sa skladajú z radu vysokých švitorivých tónov "sip-sip-síh-sitti-síh-síh". Vábenie znie ako prenikavé a ostré "cííz', pri nebezpečenstve varuje pdsekávqným "cí-cak-cak".